1. Таможню, в любом случае проходить в Стамбуле. Тут даже не важны авиакомпании. Дальше ведь у вас МЕСТНЫЙ перелет и тут таможня уже не причем.
2. Поскольку у вас разные авиакомпании, то багаж скорее всего транзитом не возьмут и нужно будет его забирать в Стамбуле и регистировать еще раз на местный рейс. Но тут утверждать не берусь. В России, когда будете проходить регистрацию, спросите, вам все скажут.
3. Я спокойно летала по электронному билету в Турции и не раз. Так что не волнуйтесь и спокойно проходите на регистрацию местного рейса.
В Стамбуле переход из международного прилета в зал местных вылетов занимает минут 7 (правда если знаешь куда идти), так что не волнуйтесь, успеете. Если не знаеете куда идти, то чуть-чуть объясню: как только выходите после получения багажа, то поворачиваете НАЛЕВО и идете до конца зала, там будет проход. В конце зала, слевой стороны вы увидете эскалатор, и ПРОХОДИТЕ МИМО!!! (просто всегда возникает соблазн на него зайти, т.к. сам проход особо не виден). Везде у вас над головами будут таблички, да и народ туда ломится постоянно )))

..........
А если вы бочку катите-это уже контейнерная перевозка.Этим Трансагентство занимается.(с)