Скорее всего туроператор предоставляет агенствам предложения по одинаковым ценам, указывая комиссию, которую агентства получат. После этого, в пределах этой комиссии, агенства, для привлечения клиентов, делают различные скидки - например постоянным клиентам или при заказе через интернет или по разным другим программам. Это одна из причин разницы в ценах.